Dużo później, czyli po wynalezieniu mikroskopu, stwierdzono, że te bąbelki, które powodują wyrastanie ciasta, to zasługa drobnoustrojów. Są ich zasadniczo dwa rodzaje. Jeden to bakterie kwasu mlekowego, które zjadają cukier, a wydalają dwutlenek węgla i kwas mlekowy. Podobne bakterie odpowiadają za zsiadanie się mleka (stąd ich nazwa) i kiszenie ogórków. Jeśli chodzi o chleb, to dwutlenek węgla daje bąbelki, czyli pulchność, a kwas mlekowy – charakterystyczny kwaskowaty posmak gotowego pieczywa. Ciasto na chleb, pozostawione, by zakwasiły je bakterie, nazywamy zakwasem.
Drugi rodzaj to jednokomórkowe grzyby, które występują w tej szumowinie z brzeczki piwnej, czyli drożdże. Drożdże zjadają cukier, a wydalają dwutlenek węgla i alkohol etylowy. Podobne drożdże odpowiadają też za produkcję piwawina, wina czy miodu pitnegoczy wódki. W przypadku pieczywa, dwutlenek węgla daje pulchność, a alkohol w większości wyparowuje podczas pieczenia (więc bułkami się nie upijecie; trudno, co zrobić?). Piekarze, jak już wiemy, brali drożdże z browarów, żeby z nich zrobić zaczyn (nie mylić z zakwasem, bo tu żadnego kwasu nie ma).
W 1842 r. w Pilznie wyprodukowano pierwszego lagera, czyli piwo dolnej fermentacji. Dolnej dlatego, że za fermentację w tym rodzaju piwa odpowiada odmiana drożdży, które zamiast wypływać na powierzchnię, to opadają na dno. Piwo typu pilzneńskiego błyskawicznie zyskiwało w całej Europie na popularności, co miało ten efekt uboczny, że piekarze stracili źródło świeżych drożdży, bo nie było już czego zbierać z powierzchni brzeczki. A świeże drożdże były potrzebne, bo – w przeciwieństwie do zakwasu, który można po prostu częściowo zostawić, żeby zakwasić nim następną partię ciasta, a rezultat jest z każdą partią coraz lepszy – stare drożdże dają raczej nieprzyjemny smak i zapach.